Untuk mendukung pelaksanaan tugasnya, selain memiliki Balai Besar Penangkapan Ikan di Semarang, direktorat jenderal ini juga memiliki sejumlah Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS), Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN), dan Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) sebagai berikut:[3]