Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia masa bakti 2004-2009 dihasilkan oleh pemilihan umum tingkat nasional pada 6 Juni 2004. Anggota DPR terplih diambil sumpahnya pada Jumat, 1 Oktober 2004, oleh ketua Mahkamah Agung, Prof. Dr. Bagir Manan. Terdapat 16 partai politik peserta pemilu yang memiliki kursi di DPR periode ini. DPR periode ini terdiri atas 550 kursi dan 10 fraksi.
Bagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya.
Pergantian antar waktu
Beberapa anggota dewan periode 2004-2009 mengalami pergantian antar waktu karena satu dari lain hal.
Pada tanggal 4 Mei 2006, Andi Jalal Bachtiar (PBR-Sulsel 1) anggota komisi II, meninggal dunia di tengah rapat bamus yang tengah membahas RUU transportasi. Kursi yang ditinggalkan almarhum kemudian digantikan oleh Kasmawati Tahir Basalamah.[3]
Terkait dengan peralihan kekuasaan di tubuh partai, Partai Kebangkitan Bangsa mencopot 5 wakilnya di DPR.[4]A.S. Hikam digantikan oleh Maria Ulfah Anshor (Jabar 7), Ahmad Anas Yahya digantikan oleh Muhammad Zubair (Jatim 3), Idham Holied digantikan oleh Muchotob Hamzah (Jateng 6), Saleh Abdul Malik digantikan oleh Umar Wahid Hasjim (Jateng 7), dan Zunatul Mafruchah digantikan oleh Soeharno (DIY)
Konflik internal Partai Bintang Reformasi berujung pada pemanggilan kembali (recall) Zaenal Maarif (PBR-Sumut1).[5] Zaenal Maarif sebelumnya menjabat sebagai wakil ketua DPR. Kursi Zaenal kemudian diisi oleh Junisab Akbar, calon legislatif dari daerah pemilihan yang sama dengan nomor urut 2, sedangkan jabatan wakil ketua DPR dibiarkan kosong.
Kasus korupsi
Beberapa kasus korupsi melanda anggota dewan periode 2004-2009. Pada tanggal 30 Juni 2008, Komisi Pemberantasan Korupsi menangkap anggota komisi V Bulyan Royan (PBR-Riau), dengan tuduhan menerima gratifikasi senilai US$6,6000 terkait pengadaan kapal patroli di Ditjen Perhubungan Laut.[6] Hakim pengadilan tipikor, Sutiyono, dalam sidang tanggal 18 Maret 2009 memutuskan bahwa "Terdakwa telah meminta dana dari perusahaan rekanan dengan janji akan membantu keluarnya anggaran". Pengadilan tipikor menjatuhkan hukuman 6 penjara terhadap Bulyan Royan. Selain itu, terdakwa dituntut membayar denda Rp. 360 juta subsider 6 bulan kurungan dan membayar uang pengganti senilai Rp 2 miliar. Bulyan Royan telah mengembalikan dana hasil korupsi sebesar US$ 80 ribu.[7]