Babak kualifikasi sepak bola pada Pekan Olahraga Nasional 2016 adalah kompetisi sepak bola yang dimainkan untuk menentukan 10 tim yang akan tampil bersama Kalimantan Timur sebagai juara bertahan dan Jawa Barat sebagai tuan rumah, yang lolos langsung. Babak kualifikasi ini berlangsung dari 14 November 2015 hingga 27 Maret 2016. Kualifikasi ini masuk dalam agenda Pra Pekan Olahraga Nasional edisi Pra Pekan Olahraga Nasional 2016 yang diikuti oleh tim sepak bola perwakilan provinsi di seluruh Indonesia.
Kompetisi
Pra PON Sumatera/Porwil Sumatera IX
Pekan Olahraga Wilayah Sumatera (disingkat Porwil Sumatera) merupakan pesta olahraga multicabang olahraga empat tahunan skala regional antarprovinsi di Pulau Sumatera. Pada 2015, Porwil Sumatera ini merupakan edisi yang ke-9 dilaksanakan dengan jumlah 10 peserta kontingen mewakili nama provinsi. Kepulauan Bangka Belitung merupakan tuan rumah Porwil Sumatera IX/2015 ini. Cabang olahraga sepak bola menjadi salah satu yang dipertandingkan dan masuk agenda Pra PON Wilayah Sumatera. Tim peraih medali emas, medali perak, dan perunggu berhak lolos ke PON 2016. Format kompetisi ini dibagi kedalam dua grup yang berisi masing-masing 5 tim. Setiap tim yang menjadi juara grup (Grup A dan B) akan lolos ke PON 2016, sementara masing-masing runner-up grup (Grup A dan B) akan bertanding di babak play-off untuk memperebutkan satu tiket ke PON 2016.
Beberapa hambatan pada penyelenggaraan babak kualifikasi ini disebabkan oleh kekisruhan antara Tim transisi Kemenpora dan Tim PSSI. Cabang olahraga sepak bola beberapa kali mengalami penundaan dan pembatalan, pengunduran hingga hampir ditiadakan pada PON 2016. Sejatinya, babak kualifikasi ini akan mulai digelar pada 14 Oktober 2015 di 6 zona yang telah ditentukan oleh PSSI, termasuk penunjukkan tuan rumah. Tim transisi Kemenpora mengambilalih penyelenggaraan cabang olahraga sepak bola Porwil Sumatera IX yang seharusnya mulai digelar pada 12 November 2015 mundur ke 14 November 2015. Tim transisi Kemenpora beralasan memiliki hak atas cabor tersebut. Bahkan akibat kejadian ini perangkat pertandingan yang dikirim oleh PSSI akhirnya meninggalkan Kepulauan Bangka Belitung. Dampak lain kekisruhan ini, selain Porwil Sumatera, 6 zona dari 22 provinsi harus menjalani babak kualifikasi di Jawa Barat dari 20–27 Maret 2016. Hal ini Papua yang sudah dinyatakan lolos dari babak kualifikasi yang sudah dipertandingkan harus dianulir dan bertanding ulang di Jawa Barat.
Kericuhan pertandingan Tim Banten menghadapi Tim Jawa Tengah
↑Kepulauan Riau tidak melanjutkan pertandingan melawan Sumatera Barat beberapa menit menjelang babak pertama usai dengan skor 0–0. Pertandingan ini diwarnai keributan antar pemain. Pada akhirnya tim Sumbar mendapatkan kemenangan WO 0–3.
↑Banten tidak hadir di lapangan buntut kekecewaan terhadap kepemimpinan wasit saat pertandingan Banten menghadapi Jawa Tengah. Dengan demikian DKI Jakarta diberikan kemenangan WO.
↑Pertandingan dihentikan pada pertengahan babak kedua dengan keunggulan Jatim 2–1 karena insiden kerusuhan dalam stadion dan wasit tak dapat melanjutkan tugasnya akibat aksi kekerasan yang diterimanya, dan pertandingan dilanjutkan pada pagi pukul 08.00 tanggal 25 Maret 2016. DKI Jakarta menciptakan sebuah gol dan skor 2–2 hingga pertandingan berakhir.
↑Pertandingan sempat dihentikan dimenit ke-76 dengan skor 0–2 karena kondisi lapangan yang tergenang air hujan yang lebat. Sisa waktu pertandingan dilanjutkan keesokan harinya 23 Maret 2016 pada pukul 08.00 WIB. Di sisa waktu pertandingan ini Bali menambah satu gol sehingga skor 0–3.
