Kwaśniewski maju dalam pemilu presiden 1995 melawan Lech Wałęsa yang masih menjabat. Ia memenangkan pemilihan presiden tahun 2000 dalam putaran kedua, tetapi lima tahun kemudian ia menang di putaran pertama. Di akhir masa jabatannya pada 23 Desember2005, ia menyerahkan kepada penggantinya, Lech Kaczyński yang konservatif.
Pada 1979, menikah dengan Jolanta Kwaśniewska (dipanggil Konty) yang seorang pengacara. Sebelum menjadi presiden, ia adalah menteri dan wakil kepala Sejm. Di akhir 1980-an, ia ikut serta dalam Persetujuan Meja Bundar Polandia.