Habel Melkias Suwae menggugat hasil pemilihan umum ini ke Mahkamah Konstitusi (MK). Ia mengklaim bahwa keputusan KPU Papua yang mengizinkan penggunaan noken sebagai pengganti kotak suara merupakan sebuah "konspirasi" untuk memenangkan Lukas Enembe. Menurutnya, kotak-kotak suara tidak pernah dikirim ke kampung-kampung. Selain itu, pemungutan suara di delapan belas kampung hanya diwakilkan oleh tiga kepala kampung. Walaupun begitu, MK menolak gugatan Habel. Menurut MK, tuduhan "konspirasi" tidak beralasan. Selain itu, MK juga mengakui sistem noken sebagai sistem yang dilandaskan pada hukum adat masyarakat Papua. Menurut MK, hal ini sejalan dengan Pasal 18B ayat (2) Undang-Undang Dasar 1945 (UUD 1945) menegaskan bahwa:[3]
Negara mengakui dan menghormati kesatuan-kesatuan hukum masyarakat hukum adat beserta hak-hak tradisionalnya sepanjang masih hidup dan sesuai dengan perkembangan masyarakat dan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia, yang diatur dalam undang-undang.[4]
