Pada Desember 1989 Jammeh menjadi anggota Pasukan Pengawal Presiden Dawda Jawara. Ia juga ikut serta dalam Pasukan Penjaga Perdamaian Gambia, yang dikirim ke Liberia, dan kemudian mengikuti latihan di Turki dan Amerika Serikat. Pada 22 Juli 1994, sebagai seorang letnan di Korps Polisi Militer dan pemimpin Dewan Penguasa Sementara Angkatan Bersenjata, Jammeh memimpin kudeta terhadap Jawara dan berhasil menggulingkannya. Ia menduduki jabatannya sebagai kepala negara termuda di dunia saat itu. Ia terpilih sebagai presiden untuk masa dua tahun pada 6 November1996 dalam sebuah pemilihan umum yang sangat banyak dikritik.[1]
Jammeh telah dituduh membatasi kebebasan pers. Undang-undang pers yang baru dan keras diikuti oleh pembunuhan yang tidak terpecahkan atas seorang wartawan yang kritis terhadap mereka, Deyda Hydara, pada Desember 2004.[3] Sebuah upaya kudeta terhadap Jammeh dilaporkan telah digagalkan pada 21 Maret2006; Jammeh, yang saat itu sedang berada di Mauritania, segera pulang ke negaranya. Kepala staf Angkatan Daraat Ndure Cham, tertuduh pemimpin komplotan itu,[4] dilaporkan melarikan diri ke negara tetangga Senegal, sementara para anggota komplotan lainnya ditangkap[5] dan telah diadili ataas tuduhan berkhianat.
Jammeh mencalonkan dirinya untuk ketiga kalinya sebagai presiden pada 22 September2006; pemilu ini mulanya direncanakan akan diselenggarakan bulan Oktober tetapi kemudian diajukan dengan alasan datangnya Ramadan. Jammeh terpilih kembali dengan 67,3% suara dan dinyatakan sebagai pemenang dalam pemilu itu. Kandidat oposisi Ousainou Darboe mendapat tempat kedua, seperti pada 2001.[6]