Setelah Perang Dunia II Heyde bergerak di bawah tanah menggunakan nama samaran untuk terus berpraktik sebagai psikiater di Jerman. Kawan-kawannya tetap diam tentang jati dirinya meski ia merupakan saksi "ahli" dalam kasus pengadilan. Namun akhirnya identitas aslinya terungkap juga pada tahun 1959, sehingga ia dipenjara di Frankfurt am Main, tetapi bunuh diri 5 tahun kemudian sebelum pengadilannya dimulai.
