Universitas Nasional Tsing Hua pertama kali didirikan di Beijing. Setelah Perang Saudara Tiongkok, presiden universitas saat itu, Mei Yiqi dan para akademisi terkenal lainnya melarikan diri ke Taiwan seiring dengan mundurnya pemerintah Nasionalis. Pada tahun 1956, mereka mendirikan kembali Universitas Nasional Tsing Hua di Hsinchu, Taiwan, dan sejak itu menjadi independen, terpisah dan berbeda dengan Universitas Tsinghua yang ada di Beijing.
NTHU terpilih sebagai salah satu dari tujuh universitas riset nasional di Taiwan,[6] dan selalu menjadi tiga besar universitas terbaik Taiwan dalam daftar peringkat universitas dunia.[7][8][9] Pada peringkat QS World University Rankings 2022, NTHU termasuk dalam 200 universitas teratas di dunia dan 50 universitas terbaik di Asia.[10]
Saat ini, ada 11 perguruan atau sekolah tinggi, 26 fakultas dan 30 lembaga pascasarjana yang berafiliasi dengan NTHU.[11][12] Sekolah Tinggi Ilmu Nuklir NTHU adalah satu-satunya lembaga pendidikan dan penelitian yang berfokus pada aplikasi tenaga nuklir untuk tujuan damai di Taiwan.[13]
