Sejak dahulu, sungai ini dikenal dengan Sungai Whanganui. Sungai ini diberi nama Whanganui pada tahun 1991 atas permintaan iwi lokal. Alasan tersebut adalah untuk menghindari kesalahpahaman dengan Sungai Wanganui di Pulau Selatan. Kota Wanganui di mulut sungai ini memiliki pengucapan yang lebih pendek.