Subagyo Partodiharjo adalah putra dari Partodiharjo dan Suratin. Ia meninggal dunia akibat serangan jantung di Rumah Sakit Omni Internasional Pulomas Jakarta Timur dan meninggalkan 3 orang anak Fransisca Shinta Rahayu Pratiwi, Robertus Aryoseno Hindarto dan Veronica Ratih Kesuma Wardhani.[2]