Dari tahun 1375 sampai 1392 ia memerintah dengan kakaknya Friedrich dan Johann II dari Bayern-Landshut. Pada tahun 1392 Bayern-Landshut dikecilkan batasnya sejak Bayern-Ingolstadt dan Bayern-München dibuat. Johann telah merintis partisi baru sejak ia menolak untuk membiayai petualangan orang Italia yang mahal untuk kakaknya dan Stephan di pengadilan. Stephan III menerima Bayern-Ingolstadt setelah pembagian Bayern, ia segera mempertimbangkan persetujuan ini sebagai kerugian. Pada tahun 1395-1397 ia kemudian bergabung memerintah Bayern-Munchen bersama dengan Johann II setelah konflik bersenjata antara dua bersaudara.
Setelah kedua saudaranya meninggal, Stephan mencoba untuk memperluas kekuasaannya. Ini mengakibatkan konflik yang panjang dengan keponakannya. Berlawanan dengan mereka Stephan mendukung Raja Ruprecht menentang pihak Luksemburg. Ia dipaksa oleh keponakannya Ernst untuk membatasi pemerintahannya untuk Bayern-Ingolstadt pada tahun 1402 dan kemudian mendukung pemberontakan penduduk di Munich pada tahun 1403 yang gagal. Pada tahun 1410 ia mencoba untuk menguasai kembali Kabupaten Tirol yang telah diberikan ayahandanya untuk Habsburg tidak berhasil.