Stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus, tetapi saat masih menggunakan bangunan lama, jalur 1 dirombak dengan memindahkan wesel timur (arah Blambangan Umpu) ke sebelah barat bangunan utama stasiun. Hal ini harus dilakukan agar persilangan antarkereta api babaranjang tidak menutupi perlintasan sebidang di sebelah timur stasiun.[3] Sejak 29 Juli 2020, operasional stasiun Way Tuba resmi dipindahkan ke bangunan baru yang lebih besar yang berjarak kurang lebih 80 meter dari bangunan lama.[4]
Meski melayani penumpang, stasiun ini, bersamaan dengan stasiun-stasiun lainnya di Divre IV (kecuali Tanjung Karang, Kotabumi, Martapura, dan Baturaja), resmi menghapus penjualan tiket secara langsung di loket (go show) mulai tanggal 1 Januari 2021, dan hanya melayani penjualan tiket melalui Kereta Api Indonesia Access atau kanal eksternal lain.[5]
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2025.[6]
Pada tanggal 15 Agustus 2011, pukul 03.00 WIB, kereta api babaranjang anjlok 1km menjelang Stasiun Way Tuba. Akibatnya, bangunan utama stasiun mengalami kerusakan serta menyebabkan enam unit sepeda motor milik warga hancur karena terlindas gerbong-gerbong babaranjang. Tidak ada korban jiwa dalam perjalanan ini, tetapi perjalanan KA Rajabasa terganggu hingga 90 menit.[7][8]
Galeri
Bangunan lama Stasiun Way Tuba yang sudah tidak lagi digunakan