Stasiun ini dahulu dibangun sebagai bagian dari jalur kereta api Yogyakarta–Magelang oleh Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij (NIS), yang dibuka pada tanggal 1 Juli 1898.[3] Bangunan stasiun ini kemudian dirombak dengan arsitektur bergaya 1950-an, dari yang semula semipermanen. Namun jalur dan semua stasiun di lintas ini dinonaktifkan menyusul letusan Gunung Merapi pada tahun 1972 hingga 1974 yang menyebabkan banjir lahar dingin pada November 1974 serta menyebabkan terputusnya Jembatan Krasak pada awal tahun 1975.[4][5] Berdasarkan keterangan resmi dari KAI, jalur ini ditutup pada 5 Maret 1975 menyusul insiden banjir lahar tersebut.[6]
Namun ada sisa-sisa bagian stasiun yang masih asli, yaitu lantainya yang persegi dengan warna dasar agak kekuningan. Sisa rel dan wesel juga masih dapat dilihat di dekat gudang. Besi-besi tua yang ada di situ mirip dengan yang ada di Stasiun Palbapang. Beberapa rumah dinas PJKA juga ditemui di sekitar stasiun ini. Asetnya masih dikuasai oleh PT KAI.[7][8]
Di ujung utara stasiun ini ada Jembatan Krasak. Jembatan Krasak pernah terkena banjir lahar Gunung Merapi pada awal tahun 1975 sehingga membuat jembatan itu ambruk ke sungai. Gara-gara jembatan ini ambruk, KA dari Stasiun Yogyakarta hanya sampai Tempel, dan tidak dapat melanjutkan perjalanan ke Magelang. Jembatan ini adalah pembatas Daerah Istimewa Yogyakarta dan provinsi Jawa Tengah.[9]
Namun sayangnya, stasiun ini kini telah berubah menjadi sekolah TK (Taman Kanak-Kanak).
