Stasiun ini memiliki bangunan utama yang kecil, hanya memiliki dua jalur dan dua peron sisi. Peron dan bangunan utama dihubungkan dengan perlintasan sebidang. Stasiun Sekine tidak memiliki petugas stasiun, oleh karena itu penumpang hanya dapat membeli tiket melalui mesin tiket atau vending machine.
Layanan
Stasiun ini hanya melayani kereta lokal atau komuter.
Stasiun dibuka pada tanggal 15 Mei 1899 oleh perusahaan Kereta Api Nippon. Kemudian diambil alih oleh JR East akibat nasionalisasi perusahaan negara pada 1 April 1987.
