Stasiun Mutsuura dibuka pada tanggal 15 Februari 1943, sebagai stasiun di Jalur Tokyu Shōnan, pendahulu Keikyū. Awalnya, stasiun ini dimaksudkan untuk melayani Depot Amunisi Ikego di dekatnya, dan penggunaannya dibatasi untuk personel Angkatan Laut Kekaisaran Jepang. Stasiun ini juga terletak 500 meter lebih dekat ke Zushi-Hayama daripada posisinya saat ini. Pada tahun 1948, Kereta Api Listrik Keihin memisahkan diri dari Tokyu, dan stasiun tersebut dipindahkan ke alamatnya saat ini pada tanggal 1 Maret 1949. Bangunan stasiun baru selesai dibangun pada tahun 1970.[1]
Keikyū memperkenalkan penomoran stasiun pada stasiun-stasiunnya pada tanggal 21 Oktober 2010; Stasiun Mutsuura diberi nomor stasiun KK51.[2]
↑"京急線全駅にて駅ナンバリングを開始します"[Station numbering will be introduced to all stations on the Keikyu Line]. KEIKYU WEB. 25 June 2010. Diarsipkan dari asli tanggal 21 February 2014. Diakses tanggal 27 February 2023.