Pintu Keluar Selatan (Maret 2016) Di latar depan terdapat gedung stasiun kereta api Hokkaido Selatan dan halte bus serta taksi. Di latar belakang terdapat gedung stasiun JR Hokkaido Shinkansen.
Stasiun ini memiliki satu peron pulau di permukaan tanah untuk Kereta Api Hokkaido Selatan dan dua peron sisi yang ditinggikan untuk Shinkansen Hokkaido.[1]
Stasiun ini dibuka untuk Jalur Esashi pada 25 Oktober 1930. Antara 12 Oktober 1937 dan 31 Maret 1988, stasiun ini menjadi stasiun terakhir untuk Jalur Matsumae.[butuh rujukan] Stasiun ini menjadi stasiun terakhir untuk Jalur Kaikyō pada 13 Maret 1988.[butuh rujukan] Pada 26 Maret 2016, peron Hokkaido Shinkansen dibuka untuk layanan penumpang.
↑Hokkaido Railway Company. "木古内駅バリアフリー情報"[Kikonai Station barrier-free information] (dalam bahasa Japanese). Diakses tanggal April 2, 2016. Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)