Sekolah Tinggi Pertanian Wuna didirikan sejak tahun 1998 atas prakarsa dari Bapak Drs. M. Idris Bolopari dan Drs. Maula Daud yang melihat situasi sumberdaya manusia daerah Kabupaten Muna serta didorong oleh keinginan segenap warga Kabupaten Muna untuk memiliki Perguruan Tinggi yang akan menjadi tempat para pemuda dan pemudi bumi sowite untuk memperoleh pendidikan tinggi dan ditempa menjadi pemimpin, wirausahawan, dan yang berguna pada masa depan. Kedua Dewan Pendiri tersebut bersepakat untuk membentuk perguruan tinggi bernama Institut Pertanian Wuna, oleh karena Kabupaten Muna pada saat itu memiliki sumberdaya pesisir, laut, hutan, dan pertanian yang cukup baik tetapi kekurangan sumberdaya manusia untuk mengelolanya. Lebih khusus lagi, sumberdaya hutan jati di Muna telah menjadi satu icon bagi daerah.
Kedua tokoh Pendiri tersebut mendedikasikan dirinya untuk mengerahkan segala daya dan upaya untuk membentuk satu yayasan bernama Yayasan Perguruan Tinggi Wuna. Yayasan yang terbentuk kemudian mengajukan pendirian Institut Pertanian Wuna kepada Koordinator Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta (Kopertis) Wilayah IX di Ujung Pandang, tetapi mendapatkan saat itu belum mendapatkan persetujuan. Hingga pada tanggal 20 Agustus 1990, Koordinator Kopertis Wilayah IX memberikan Rekomendasi pembentukan Sekolah Tinggi Pertanian Wuna sesuai Surat Rekomendasi Nomor: 052/Kop.I/S/1990 yang menjadi embrio atas Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0764/O/1990 tentang Pemberian Status Terdaftar Kepada Jurusan/Program Studi Di Lingkungan Sekolah Tinggi Pertanian Wuna di Raha tertanggal 31 Desember 1990. Dalam Diktum Keputusannya, Menteri memberi status Terdaftar kepada jurusan/program studi di lingkungan Sekolah Tinggi Pertanian Wuna di Raha yang diselenggarakan oleh Yayasan Perguruan Tinggi Wuna di Raha untuk Program D III, meliputi:
Jurusan Budidaya Pertanian Program Studi Budidaya Pertanian;
Jurusan Kehutanan Program Studi Teknologi Hasil Hutan;
Jurusan Perikanan Program Studi Budidaya Perairan;
Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian Program Studi Penyuluhan Pertanian;
Setelah melalui rangkaian proses yang panjang sejak terbitnya SK Mendikbud No. 0764/O/1990 tersebut, Yayasan Perguruan Tinggi Wuna melalui Kedua Tokoh Pendidikan tersebut, yakni Bapak Drs. M. Idris Bolopari dan Drs. Maula Daud berhasil mengupayakan perubahan jenjang penyelenggaran pendidikan ke jenjang Sarjana (Strata 1). Melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan TinggiDepartemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 273/DIKTI/Kep/1994 tertanggal tentang Pemberian Status Terdaftar Kepada Jurusan/Program Studi S1 Pada Sekolah Tinggi Pertanian Wuna di Wuna - Sulawesi Tenggara menandai babak baru Sekolah Tinggi Pertanian Wuna dalam menyelenggarakan pendidikan tinggi jenjang Sarjana di Kabupaten Muna. Saat ini, STIP Wuna telah terakreditasi AIPT dari BAN-PT dan seluruh program studi yang diselenggarakan telah terakreditasi.[3]
