Setelah mendapat restu dari KH. Muhammad Ali Cholil, maka dibentuk sebuah tim dalam rangka menyusun dan merumuskan perguruan tinggi di lingkungan Pondok Pesantren. Tim tersebut diketuai oleh Ahmad Rosyidi. Em.S (Ketua Panitia Pendirian STITBA).[3]
STIT Balikpapan di mulai pada tahun 2002 dengan penandatanganan prasasti STIT Balikpapan yang di lakukan oleh Gubernur Kalimantan Timur pada waktu itu H. Suwarna Abdul Fatah (H. Suwarna AF). Prasasti peresmian Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Balikpapan (STITBA) berada diarea gerbang Pondok Pesantren Syaichona Cholil Balikpapan, Kalimantan Timur, bertanggal 29 Juni 2002. Sementara gedung STIT Balikpapan saat itu masih menggunakan gedung SMA Syaichona Cholil Balikpapan. Pembangunan gedung STITBA sendiri baru terwujud dibawah Ketua Rasidi, M.Pd (Alm).[4]
Operasional STIT Balikpapan mulai dilaksanakan dibawah kepemimpinan Drs. H. Syaiful, M.Pd di bawah pengawasan dan bimbingan dosen-dosen STAIN Samarinda. Tahun 2005, STIT Balikpapan mendapat Izin pendirian perguruan tinggi dengan program studi Pendidikan Agama Islam. Tahun 2006, STIT Balikpapan divisitasi oleh Tim Direktorat Pendidikan Islam Departemen Agama. Tahun 2007, izin operasional STIT Balikpapan diturunkan tepatnya pada tanggal 20 April 2007 dengan Nomor Dj.I/177/2007. Dalam perkembangan berikutnya STIT Balikpapan, tepatnya ditahun 2015, STIT Balikpapan mulai membuka program studi baru yaitu Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah ( PGMI ) dan Pendidikan Islam Anak Usia Dini.[5]
STIT Balikpapan juga melakukan kerja sama dengan berbagai perguruan tinggi agama Islam ternama di luar Kalimantan Timur, di antaranya IAIN Antasari di Banjarmasin, IAIN Samarinda dan UIN Sunan Kalijaga Jogjakarta untuk menjaga kualitas lulusannya.[6]
Program Studi
STIT Balikpapan memiliki 3 Program Studi unggulan:[7]
S1 - Pendidikan Islam Anak Usia Dini (Raudlatul Athfal)
Ketua
STIT Balikpapan telah mengalami beberapa pergantian Ketua, yaitu:
Drs. H. Syaiful, M.Pd
Rasidi, M.Pd
Halimi Firdausi, S.Ag, M.Si
Sarana dan Prasarana
STIT Balikpapan menyediakan gedung perkuliahan yang ber-AC, Laboratorium Komputer, Perpustakaan, media pembelajaran menggunakan proyektor, tempat ibadah dan layanan free Wi-Fi.[8]