Asal mula berdirinya Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon berakar dari aspirasi tokoh-tokoh Kristen di pemerintahan, khususnya Direktorat Jenderal Bimas Kristen. Upaya ini merupakan terobosan untuk mewujudkan keadilan pelayanan negara terhadap organisasi keagamaan setelah 52 tahun kemerdekaan Indonesia.Fokus utama dari gerakan ini adalah meningkatkan status lembaga pendidikan guru agama menjadi institusi pendidikan tinggi yang dikelola langsung oleh negara. Momentum reformasi di Indonesia menjadi katalisator utama yang mempercepat penerimaan usulan integrasi lembaga pendidikan tersebut oleh pemerintah pusat.
Transformasi Menjadi STAKPN Ambon
Logo saat bernama STAKPN Ambon
Secara resmi, transformasi ini dimulai dengan diterbitkannya Keputusan Presiden RI Nomor 19 Tahun 1999 yang ditandatangani oleh Presiden B.J. Habibie pada 13 Maret 1999. Regulasi ini menandai berdirinya Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri (STAKPN) pertama di Indonesia, yakni di Ambon dan Tarutung. Sebagai tindak lanjut, Menteri Agama mengeluarkan Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 86 Tahun 1999 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja STAKPN Ambon. Langkah ini mengakhiri masa transisi Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen Protestan Negeri (APGAKPN) Ambon yang saat itu baru berusia sangat muda. Pada masa awal berdiri, STAKPN Ambon menghadapi tantangan besar terkait keterbatasan sumber daya manusia. Untuk mengisi kebutuhan administrasi dan tenaga pengajar, Kepala Kanwil Departemen Agama Provinsi Maluku melakukan mutasi pegawai dari kantor wilayah ke lembaga pendidikan baru tersebut.
Kendala Sarana dan Infrastruktur Awal
Kondisi faktual saat pendirian menunjukkan keterbatasan sarana dan prasarana yang signifikan. Sebagian besar fasilitas seperti gedung kuliah, perpustakaan, hingga meja kantor masih menggunakan aset peninggalan PGAKP Negeri Ambon dengan sedikit tambahan dari pengadaan mandiri. Struktur kepemimpinan awal hanya diisi oleh dua jabatan resmi, yaitu Drs. Listen Sirait sebagai Direktur dan R. Souhaly, S.H. sebagai Kepala Urusan Tata Usaha. Jabatan strategis lainnya, seperti wakil direktur, pada saat itu hanya dijalankan oleh pelaksana tugas karena belum adanya formasi tetap. Kebutuhan akan dosen berkualifikasi akademik S1 hingga S3 menjadi syarat mutlak yang harus dipenuhi untuk standar perguruan tinggi. Pihak lembaga melakukan pendekatan intensif kepada akademisi di Universitas Pattimura dan Universitas Kristen Indonesia Maluku untuk memenuhi persyaratan formal tersebut.
Dukungan Regional dan Operasionalisasi
Gedung Rektorat STAKPN Ambon
Pendirian STAKPN Ambon mendapat dukungan penuh dari berbagai gereja di Maluku serta Dinas Pendidikan dan Olah Raga setempat. Dukungan ini menjadi basis legitimasi sosial yang kuat bagi pimpinan lembaga untuk terus memperjuangkan status institusi di tingkat nasional (Jakarta). Setelah persyaratan administratif terpenuhi, Menteri Agama mengeluarkan KMA Nomor 155 Tahun 1999 tentang Statuta STAKPN Ambon. Regulasi ini memberikan landasan hukum bagi civitas akademika untuk mulai menyelenggarakan pendidikan tinggi secara mandiri dan profesional. Kebijakan spektakuler diambil dengan membuka penerimaan mahasiswa baru untuk tahun akademik 1999/2000 pada program studi Pendidikan Agama Kristen (PAK) dan Teologi. Pembukaan program sarjana (S1) ini secara otomatis menandai berakhirnya riwayat operasional tingkat akademi (APGAKPN). Guna memperkuat jajaran akademik, Ditjen Bimas Kristen Protestan mulai memutasi pegawai dari lingkungan direktorat jenderal untuk diperbantukan sebagai dosen. Langkah ini bertujuan untuk menjamin mutu perkuliahan sesuai dengan standar yang ditetapkan oleh Departemen Agama saat itu.
Periode Pengembangan dan Kepemimpinan
Memasuki tahun 2007, STAKPN Ambon merefleksikan perjalanan tujuh tahunnya sebagai lembaga negara yang terus berkembang di tengah dinamika sosial Maluku. Semangat religiusitas dan optimisme menjadi motor penggerak bagi seluruh civitas akademika dalam menjalankan visi lembaga. Dalam rapat Senat yang digelar pada Februari 2007, R. Souhaly secara aklamasi terpilih kembali sebagai Ketua STAKPN Ambon untuk periode kedua (2007-2011). Kepemimpinan ini diharapkan mampu membawa institusi menuju tata kelola yang lebih modern dan responsif terhadap kebutuhan zaman. Hingga saat ini, sejarah panjang dari tingkat akademi hingga menjadi institut mencerminkan dedikasi para tokoh dalam memperjuangkan pendidikan keagamaan Kristen di Indonesia Timur. IAKN Ambon kini berdiri sebagai simbol keadilan pendidikan bagi umat Kristiani di bawah naungan negara.
Program Studi
Fakultas dan Program Studi yang ada di IAKN Ambon antara lain:
