SMA Negeri 39 yang berlokasi di JL. R. A Fadillah Kelurahan Baru Kecamatan Pasar Rebo Jakarta Timur, dengan luas tanah 9278 M2. Mulai melaksanakan Proses Belajar Mengajar sejak tahun 1974 dengan nama SMA 14 Filial sebagai kepala Sekolahnya adalah Dra. Odieng sampai tahun 1975.
Pada tahun 1975 terjadi pergantian Kepala Sekolah dari Ibu Oding kepada Bapak Drs. Mora Tigor. Sejak saat itu SMA Negeri 14 Filial Jakarta mulai berkembang pesat, baik jumlah siswa maupun tenaga pengajar serta staff tata usahanya.
Pada tgl. 1 April 1978 SMA Negeri 14 Filial Jakarta atas dasar prestasi dan kualifikasinya kemudian diberikan wewenang untuk mandiri sebagai Sekolah Menengah Umum Tingkat Atas ( SMA ) dengan nama SMA Negeri 39 Jakarta.
Kepala sekolah
1975 – 1979 Drs. Mora Tigor
1979 – 1984 Koerdi Sastradinata
1984 – 1990 Abdul Gafar
1990 – 2018 RM Radjagoekgoek
1996 – 1999 Dodo A Nawawi
1999 – 2003 Drs. H. Iwan Trikarso
2003 – 2006 Drs. H. Extris, M.Pd
2006 – 2009 Dra. Hj. Hartini, M.Pd
2010 – 2013 Drs. Didih Hartaya
2015 – 2018 Horale Tua Simanullang
2018 – 2021 Drs. H. Maknawiyah, M.Si.
2021 - sekarang Dra. Wahyu Murniningsih, M.Pd
Kurikulum
Kurikulum yang digunakan dalam SMA Negeri 39 Jakarta adalah Kurikulum Merdeka kepada setiap siswa yang bersekolah di SMA Negeri 39 Jakarta.
