SD Muhammadiyah Condongcatur awalnya didirikan sebagai sekolah filial bagi Sekolah Dasar Muhammadiyah Sapen (SD Muhammadiyah Sapen) yang terletak di Kota Yogyakarta. Siswa kelas 1 hingga kelas 6 dari SD Muhammadiyah Sapen yang bertempat tinggal dekat dari Kelurahan Condongcatur dipindahkan ke SD Muhammadiyah Condongcatur.[2]
Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah, Pimpinan Pusat Muhammadiyah (2015). Profil Sekolah/Madarasah/Pondok Pesantren Muhammadiyah Unggulan (Best Practice). Jakarta Pusat: Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah, Pimpinan Pusat Muhammadiyah. Pemeliharaan CS1: Status URL (link)