Dibentuk tahun 1951, Qarabağ merupakan anggota pendiri Liga Utama Azerbaijan pada 1992. Satu musim kemudian, tim ini memenangkan kejuaraan liga pertama mereka, menjadi tim di luar kota Baku pertama yang memenangi gelar liga. Qarabağ merupakan salah satu dari dua tim di Azerbaijan, bersama Neftçi PFK yang selalu tampil Liga Utama hingga saat ini.
Qarabağ menjadi tim asal Azerbaijan kedua yang melaju ke babak grup kompetisi Eropa. Pada musim 2017–18, setelah menyingkirkan F.C. Copenhagen di babak play-off, Qarabağ menjadi tim asal Azerbaijan pertama yang mencapai babak grup Liga Champions UEFA.[3]
