Pulau Popaya sudah dikenal sejak tahun 1929 saat seorang pegawai (Bosch Arsshetek) pemerintah Hindia Belanda bernama A. Uno mengadakan kunjungan dan penelitian di pulau ini. Kunjungan tersebut menghasilkan rekomendasi supaya pulau ini bersama dengan Pulau Motuo atau Pulau Raja dan Pulau Mas ditetapkan sebagai kawasan cagar alam. Ketiga pulau itu ditetapkan sebagai kawasan konservasi melalui surat keputusan oleh pemerintah Hindia Belanda Nomor BG.29. Stbl.629, tanggaal 17 Oktober 1939.[2]
Akses
Untuk menuju ke Pulau Popaya dari pusat Kota Gorontalo dapat ditempuh dengan perjalanan darat menuju ke Desa Dunu. Dari Desa Dunu perjalanan dilanjutkan dengan menumpang perahu nelayan dengan jarak tempuh sekitar 20 menit.[2] Jarak dari pantai Desa Dunu ke Pulau Popaya kurang lebih 6 kilometer.
Kawasan cagar alam
Saat ini Pulau Popaya, Pulau Motuo dan Pulau Mas termasuk dalam kawasan konservasi Cagar Alam Mas Popaya Raja. Hal ini ditetapkan dengan keputusan dari Kementerian Kehutanan, Nomor 325 tahun 2010 tentang Cagar Alam Pulau Mas, Popaya, dan Raja.[2] Total keseluruhan kawasan ke-3 pulau ini adalah 147,94 hektare. Pulau Popaya dan Pulau Mas menjadi habitat penting empat jenis penyu, yaitu penyu sisik, penyu tempayan, penyu belimbing, dan penyu belimbing hijau.[3][4] Selain itu di kawasan ini terdapat sekitar 20 jenis tumbuhan dan dihuni serta sering disinggahi oleh sekitar 27 jenis burung.[2]