Blackburn Rovers

Jones bergabung dengan tim muda Blackburn Rovers pada tahun 2002.^[4] Ia kemudian bergabung dengan tim senior untuk musim 2009–10, menandatangani kontrak profesional dua tahun.^[5] Ia melakukan debut tim utama untuk Blackburn setelah memulai pertandingan Piala EFL melawan Nottingham Forest pada 22 September 2009, di mana Blackburn menang 1–0.^[6] Kemudian pada Februari 2010, ia menandatangani kontrak baru lima tahun yang mencakup klausul pelepasan senilai £16 juta. Jones melakukan penampilan pertamanya di Liga Utama Inggris untuk Blackburn melawan Chelsea pada 21 Maret, hanya sebulan setelah berusia 18 tahun.^[7] Ia dipuji secara luas atas penampilannya yang berkomitmen dan percaya diri sebagai bek tengah, melakukan beberapa blok dan intersepsi penting saat Rovers menahan sang juara bertahan dengan hasil imbang 1–1 di Ewood Park.^[7] Pada musim 2009–10, ia membuat sembilan penampilan liga, dan tiga penampilan piala.

Musim 2010–11 dimulai dengan menjanjikan dengan Jones menjadi starter di pertandingan pembuka musim melawan Everton, dan kemudian memainkan sebagian besar pertandingan klub di paruh pertama musim, meskipun dalam peran gelandang bertahan yang tidak biasa. Cedera tulang rawan lutut yang robek dalam pertandingan melawan West Ham United pada bulan Desember, mengancam untuk membuatnya absen hingga akhir musim. Namun, pada 19 Maret 2011, ia kembali dari cedera melawan Blackpool di Ewood Park, masuk sebagai pemain pengganti di babak kedua menggantikan Brett. Pada 2 April 2011, Jones memulai pertandingan tim utama untuk pertama kalinya dalam empat bulan melawan Arsenal di Stadion Emirates, bermain penuh 90 menit dalam hasil imbang 0–0.^[8] Meskipun cedera, ia bermain dalam 26 pertandingan liga dan dua pertandingan piala untuk Blackburn pada musim itu.

Manchester United

Pada akhir musim 2010–11, Manchester United dilaporkan tertarik untuk merekrut Jones. Alex Ferguson tampaknya terkesan dengan komitmen dan kemampuan kepemimpinan Jones sebagai bek tengah ketika Blackburn menahan United imbang 1–1 pada hari United memastikan gelar juara. Pada 13 Juni 2011, United mengkonfirmasi bahwa mereka telah mencapai kesepakatan untuk merekrut Jones dengan kontrak lima tahun dengan biaya transfer yang tidak diungkapkan, yang diyakini setidaknya £16,5 juta.^[9] Kesepakatan itu akan diselesaikan setelah ia kembali dari tugas internasional.^[10] Ia melakukan debutnya untuk klub tersebut pada tur pramusim 2011 ke Amerika Serikat, dalam kemenangan United 3–1 atas Chicago Fire.^[11]

Jones melakukan debut kompetitifnya untuk United sebagai pemain pengganti di babak kedua, menggantikan Rio Ferdinand di Community Shield FA 2011 melawan rival derby Manchester City. United tertinggal 2–0, tetapi menang 3–2.^[12] Jones melakukan debut liganya seminggu kemudian, lagi-lagi sebagai pemain pengganti menggantikan Ferdinand, saat United mengalahkan West Bromwich Albion 2–1 pada pekan pembukaan.^[13] Pada 10 September, Jones memberikan dua assist untuk Wayne Rooney dalam kemenangan telak United 5-0 atas Bolton Wanderers di Stadion Reebok. Jones memulai pertandingan tandang melawan Liverpool sebagai gelandang box-to-box, berbeda dari posisi bek tengah dan bek sayap yang biasa ia tempati. Jones mencetak gol senior pertamanya pada 3 Desember dalam kemenangan tandang 1-0 melawan Aston Villa Jones mencetak gol hiburan melawan Basel dalam kekalahan 2-1 di Liga Champions yang mengakibatkan United tersingkir dari kompetisi, dengan menyundul bola liar setelah tembakan Federico Macheda membentur mistar gawang. Pada 21 Desember, ia mengalami cedera wajah dalam pertandingan tandang melawan Fulham, namun hasil rontgen menunjukkan tidak ada kerusakan serius dan Jones kembali bermain dalam kekalahan 3-2 melawan Blackburn pada 31 Desember.

Setelah menderita masalah punggung dan menjalani operasi lutut yang membuatnya absen di awal musim 2012–13, Jones melakukan penampilan pertamanya dalam pertandingan tandang melawan Galatasaray di Liga Champions pada 20 November.^[14] Ia mencetak gol pertamanya di musim 2013–14 pada tanggal 29 Oktober dalam kemenangan 4–0 melawan Norwich City di Piala Liga.^[15] Pada 10 Desember, ia mencetak gol dalam kemenangan 1-0 melawan Shakhtar Donetsk di pertandingan terakhir babak penyisihan grup Liga Champions, memastikan United finis di puncak grup.^[16]

Pada 15 Mei 2023, United mengumumkan bahwa, setelah 12 tahun berkarier di Old Trafford, Jones akan dilepas oleh klub pada akhir musim.^[17] Kemudian pada tahun yang sama, pada bulan September, ia terlibat dalam sesi latihan tim muda United di Carrington,^[18] kemudian ia mengumumkan rencana untuk mengikuti kursus guna mendapatkan lisensi kepelatihannya.^[19]

Pada Agustus 2024, ia mengumumkan pensiun dari bermain sepak bola, dengan mengatakan bahwa ia ingin beralih ke dunia kepelatihan.^[20] Secara total, ia membuat 229 penampilan untuk United, di mana 169 di antaranya di Liga Utama Inggris. Sebelum pensiun, ia dan David de Gea adalah satu-satunya anggota yang tersisa dari skuad 2012–13 yang memenangkan Liga Premier di musim terakhir Sir Alex Ferguson sebagai manajer.