Saat sidang MPR yang diselenggarakan untuk mengamendemen Undang-Undang Dasar Republik Indonesia 1945, fraksi ini mendukung pengembalian Piagam Jakarta ke dalam Pasal 29, terutama terkait dengan "tujuh kata" yang menjadi kontroversi, yaitu "dengan kewajiban menjalankan syariat Islam bagi pemeluk-pemeluknya". Namun, tidak seperti PBB, fraksi PDU ingin memasukkan syariat Islam ke dalam ayat kedua Pasal 29 (yang berbunyi "Negara menjamin kemerdekaan tiap-tiap penduduk untuk memeluk agamanya masing-masing dan untuk beribadat menurut agamanya dan kepercayaannya itu") alih-alih ayat pertama (yang berbunyi "Negara berdasar atas Ketuhanan Yang Maha Esa").[2]