Aliansi ini telah bersepakat untuk membentuk Badan Kerjasama yang lebih luas dalam bentuk Persekutuan dari Organisasi gereja-gereja Baptis di Indonesia. Untuk memenuhi maksud tersebut pada tanggal 26-28 Maret 1991 di Bogor, Jawa Barat diselenggarakanlah Musyawarah para Pimpinan Organisasi Gereja-Gereja Baptis di Indonesia yaitu GGBI, KGBI, PGBIJ, GBII dan GPIBI. Dalam musyawarah itu Sinode Gereja Kristen Baptis Jakarta (SGKBJ) bergabung dalam Persekutuan ini.
Dalam Musyawarah Nasional 14-15 Oktober 2008 telah diadakan perubahan "Anggaran Dasar Persekutuan Baptis Indonesia" dengan keanggotaan Gabungan Gereja Baptis Indonesia (GGBI), Kerapatan Gereja Baptis Indonesia (KGBI), Persekutuan Gereja-Gereja Baptis Papua (PGBP) yang sebelumnya bernama "Persekutuan Gereja-Gereja Baptis Irian Jaya" (PGBIJ), Gereja Baptis Independen Indonesia (GBII), Gereja Perhimpunan Injili Baptis Indonesia (GPIBI) dan Sinode Gereja Kristen Baptis Jakarta (SGKBJ).