Penyuntingan genom, atau tepatnya penyuntingan genom dengan nuklease terekayasa (bahasa Inggris: genome editing with engineered nucleases, GEEN), adalah salah satu bentuk rekayasa genetik berupa penyisipan, penggantian, atau pembuangan (sebagian) DNA pada genom suatu organisme hidup dengan menggunakan enzim-enzim nuklease yang sudah direkayasa untuk memotong dan menyambungnya. Nuklease-nuklease ini dapat memotong berkas ganda pada tempat spesifik yang tertentu pada suatu bagian genom. Bagian yang terpotong ini lalu tersambung lagi, baik melalui mekanisme nonhomologus end-joining maupun rekombinasi homolog, sehingga terjadilah mutasi terarah.
Penyuntingan genom terpilih sebagai 2011 Method of the Year oleh majalah Nature Methods.[5] Sistem CRISPR-Cas, sebagai salah satu sistem penyuntingan genom, juga dijadikan sebagai 2015 Breakthrough of the Year oleh majalah ilmiah Science.[6]
