Kegiatan dimulai dengan pembiasaan pagi yang dilakukan setiap hari pukul 06.30 s/d 07.00 WIB, diisi dengan pembiasaan membaca Surah Al-Waqi'ah dan Shalat Dhuha, setelah itu siswa-siswi masuk ke kelas masing-masing untuk mengikuti pembelajaran. Kemudian, siswa-siswi mengikuti kegiatan Shalat Dzuhur berjamaah. Setelah Shalat Dzuhur, siswa-siswi dipersilakan untuk makan siang. Usai ISHOMA (Istirahat, Shalat, Makan) selesai, siswa-siswi mengikuti kegiatan pembelajaran kembali.
Program Kelas
Madrasah ini mempunyai dua kelas, yakni Kelas Reguler dan Kelas Tahfidz.
Kelas Reguler
Kelas reguler tidak mengikuti program Tahfidzul Qur'an, akan tetapi dalam kelas reguler tetap ada program hafalan Juz 30.
KelasTahfidz
Kelastahfidz mengikuti program Tahfidzul Qur'an, yakni program hafalan Al-Qur'an 1 juz dalam satu tingkat.
Ekstrakurikuler
MI Manba’ul ‘Ulum Buntaran memiliki banyak kegiatan ekstrakurikuler, antara lain: