Melalui konsiliasi dan represi, penaklukan ini berlanjut selama enam puluh tahun, hingga tahun 1603 ketika seluruh Irlandia berada di bawah kekuasaan penuh James I dari Inggris. Kekuasaan ini semakin menguat setelah para Earl yang memberontak melarikan diri pada tahun 1607.
Penaklukan ini diiringi dengan penetapan hukum, bahasa, dan budaya Inggris, serta Anglikanisme sebagai agama negara. Imperium Spanyol mencoba campur tangan beberapa kali selama Perang Inggris-Spanyol (1585–1604). Sementara rakyat Irlandia sebagian besar menerima otoritas paus, pejabat-pejabat Irlandia diminta untuk patuh kepada monarki Inggris.
Setelah selesainya penaklukan, pemerintahan Irlandia Gaelik telah dihancurkan dan Spanyol tidak lagi ingin campur tangan secara langsung. Akibatnya, para kolonis Inggris, Skotlandia, dan Wales dapat menyita tanah secara besar-besaran.