Pelabuhan Shenzhen tersebar di sepanjang garis pantai kota Shenzhen sepanjang 260km. Hong Kong dipisahkan oleh Wilayah Baru dan Semenanjung Kowloon dan menjadi dua wilayah: pelabuhan timur dan pelabuhan barat.
Pelabuhan barat pelabuhan Shenzhen terletak di sebelah timur Lingdingyang di Muara Sungai Mutiara dan terdiri dari pelabuhan perairan dalam dengan perlindungan alami yang aman. Jaraknya sekitar 37,04km dari Hong Kong ke selatan dan 111,12km dari Guangzhou ke utara. Akibatnya, kawasan pelabuhan bagian barat terhubung dengan kawasan sungai mutiara yang meliputi kota dan kabupaten di sepanjang sungai. Pelabuhan barat juga terhubung dengan jalur air On See dun yang memungkinkan perdagangan menjangkau sampai ke pelabuhan lain.
