Paul Verhoeven lahir pada 18 Juli 1938 di Amsterdam, Belanda. Ia adalah putra dari guru sekolah Wim Verhoeven dan pembuat topi Nel van Schaardenburg. Meskipun ia lahir di Amsterdam, keluarganya tinggal di desa Slikkerveer.
Pada 1943, keluarganya pindah ke Den Haag, markas besar Jerman di Belanda pada masa Perang Dunia II.