Pakuan City FC didirikan pada tahun 2021 setelah mengakuisisi Cirebon FC yang sebelumnya pernah berkompetisi di Liga 3.[3] Pakuan City FC juga memindahkan homebase dari Kota Cirebon ke Kota Bogor.[4]
Pakuan City FC memiliki julukan yaitu Kijang Siliwangi. Nama tersebut dipilih karena Kijang berasal dari jenis spesies yang sama dengan Rusa, hewan yang identik dengan Kota Bogor, sedangkan kata Siliwangi diambil dari nama Prabu Siliwangi yang merupakan salah satu raja terkuat yang pernah memimpin kerajaan Pajajaran.[6]
