Sequel ini menlanjutkan tentang kisah perjalanan Paddington yang sedang mencoba mengkonfirmasi statusnya sebagai warga negara Inggris yang sah. Di sisi lain dari wilayah Peru, seorang Pendeta dari Rumah Beruang Pensiun menulis surat kepada Paddington yang mengatakan bahwa Bibi Lucy sangat merindukannya dan telah bersikap sangat aneh dalam beberapa hari terakhir.[2]
Paddington dan keluarga Brown pada akhirnya sepakat untuk mengunjungi Bibi Lucy yang sedang berada di Peru. Namun ketika mereka tiba, mereka mendapatkan informasi bahwa Bibi Lucy telah hilang di hutan Peru, dan hanya meninggalkan sebuah gelang dan kacamata. Menanggapi hal tersebut, Paddington dan Keluarga Brwon kemudian berupaya dengan menyewa perahu milik Hunter dan Gina Cabot untuk mencari keberadaan Bibi Lucy. Tanpa disangka, keluarga Cabot ternyata sedang mencari harta karun yang telah hilang melegenda bernama El Dorado, dan gelang Bibi Lucy merupakan salah satu kunci yang dapat membantu mereka dalam menemukan keberadaan harta karun El Dorado.[3]
Film Paddington in Peru menceritakan petualangan seru Paddington bersama dengan keluarga Brown dalam mengungkapkan misteri yang menjerumuskan mereka ke dalam perjalanan yang tak terduga.[4]
