Jaringan rel NJ Transit terdiri dari 161 stasiun, yang ukurannya bervariasi mulai dari hub komuter besar seperti New York Penn Station, Hoboken Terminal dan Newark Penn Station hingga halte plexiglas kecil di tepian rel atau perhentian sederhana dengan satu platform kecil. New Jersey Transit memiliki dan mengoperasikan semua stasiun keretanya, kecuali yang disebutkan di bawah ini.
