Museum ini didirikan pada tahun 2003, sedangkan organisasi museum tersebut dibentuk pada tahun 2004. Museum ini kemudian dibuka untuk umum pada tanggal 20 Juni 2009.[8] Lebih dari 4.250 objek dipamerkan di dalamnya, dengan total area pameran seluas 14.000 meter persegi.
Kontroversi
Kontroversi muncul terkait rencana pembangunan museum baru tersebut, khususnya mengenai kelayakan pendiriannya di atas situs arkeologi di kawasan Makrygianni. Selain itu, terdapat kekhawatiran bahwa bangunan modern berukuran besar itu tidak akan menyatu secara harmonis dengan lanskap sekitarnya.[9]
Pada tahun 2007, kontroversi lain muncul akibat rencana pembongkaran dua bangunan bersejarah yang berada di depan museum, yakni bangunan nomor 17 dan 19 di Jalan Dionysiou Areopagitou yang menghadap ke Akropolis.[10] Bernard Tschumi menampilkan sejumlah foto area di depan museum yang telah disunting untuk menghilangkan kedua bangunan tersebut beserta pepohonan di sekitarnya yang tingginya mencapai empat lantai. Pemerintah Yunani kemudian mencabut status cagar budaya kedua bangunan itu, meskipun salah satunya bergaya Neo-Klasik[11] dan yang lainnya merupakan contoh arsitektur Art Deco.[10][11] Penolakan terhadap rencana pembongkaran tersebut datang dari berbagai lembaga internasional, termasuk INTBAU[10] dan ICOMOS.[11]
