Pada 2015 Mudyat menjadi peserta pemilihan kepala daerah Kota Samarinda. Ia maju sebagai calon wali kota berpasangan dengan Iswandi sebagai calon wakil wali kota. Lawannya adalah pasangan petahana, Syaharie Jaang dan Nusyirwan Ismail. Hasil pemungutan suara menunjukkan pasangan Mudiyat-Iswandi memperoleh 66.623, sedangkan Syaharie-Nusyirwan 207.444 suara. Mudyat gagal menjadi wali kota Samarinda periode 2016–2021.[4][5]. Pendaftaran Mudyat-Iswandi oleh Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) dan Partai Hati Nurani Rakyat (Hanura) dilakukan dalam masa perpanjangan pendaftaran.[6]
Mudyat kembali menjadi caleg DPR RI pada 2024 dari partai yang berbeda. Ia maju melalui Partai Nasional Demokrat (Nasdem).[7] Hasil perolehan suaranya kembali tidak mencukupi syarat lolos menjadi anggota DPR.[8]
Sewaktu kuliah di Universitas Mulawarman, Mudyat Noor aktif dalam organisasi Himpunan Mahasiswa Islam (HMI).[2] Selepas lulus, ia menjadi Ketua Korps Alumni HMI (KAHMI) Kota Samarinda periode 2016–2021 dan 2021–2026.[11] Ia juga pernah menjadi pengurus Kamar Dagang dan Industri Indonesia (KADIN) Kalimantan Timur.[2]disamping itu Mudyat Noor juga aktif dalam organisasi olahraga khususnya Bulutangkis dan sampai saat ini masih menjadi sebagai Ketua Umum Pengurus Provinsi Persatuan Bulutangkis Seluruh Indonesia (PBSI) Kalimantan Timur untuk periode ke dua 2025 -2029
Kontroversi
Pada momen pemilihan umum 2014, tiga lembaga pegiat lingkungan, yaitu Jaringan Advokasi Tambang (Jatam) Kaltim, Naladwipa Institute, dan Posko Pengaduan Kasus Korupsi SDA, merilis 18 nama calon legislatif dan partai politik yang dianggap mendukung aktivitas pengerukan batu bara di Kalimantan Timur, sehingga mengakibatkan kerusakan lingkungan. Dalam rilis tersebut, salah satunya adalah Mudyat Noor, caleg DPR RI.[12] Pada September 2025, Mudyat Noor menanggapi kritik dari kreator konten Dian Rana terkait pembangunan IKN di Sepaku. Ia menilai kritik tersebut sepotong-sepotong dan berpotensi menimbulkan salah paham. Dalam kesempatan itu, Mudyat menantang untuk berdiskusi terbuka melalui talk show, podcast, atau media lainnya.[13]
