Mochammad Afifuddin dilahirkan di Kabupaten Sidoarjo, Jawa Timur pada 1 Februari 1980 sebagai satu-satunya anak laki-laki dari empat bersaudara. Orang tuanya berprofesi sebagai pedagang barang-barang kelontong dan petani. Ia dibesarkan di keluarga santri kampung, Desa Pejangkungan, Kecamatan Prambon, Kabupaten Sidoarjo. Ia mengenyam pendidikan dasar (SD negeri) dan juga madrasah ibtidaiyah (MI), karena saat itu SD masuk kelas pagi dan MI masuk kelas siang/sore.[5] Ia meraih gelar Sarjana Theologi Islam Jurusan Tafsir Hadits dari Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah pada 2004.[6] Selama di kampus, ia aktif dalam organisasi kemahasiswaan dengan menjabat sebagai Presiden Mahasiswa UIN Syarif Hidayatullah Jakarta periode 2000–2001,[7] Komisariat Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII) UIN Syarif Hidayatullah, serta Wakil Sekretaris Jenderal Pengurus Besar (PB) PMII kemudian Bendahara Umum PB PMII. Ia meraih gelar Magister Ilmu Komunikasi peminatan komunikasi politik dari Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Indonesia pada 2007.[8]
Afifuddin memulai karier sebagai relawan pemantau tempat pemungutan suara pada pemilihan umum 1999.[9] Setamat magister, ia bekerja di Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia UIN Syarif Hidayatullah dalam bidang isu Islam dan demokrasi. Ia bergabung di Sekretariat Nasional Jaringan Pendidikan Pemilih untuk Rakyat (JPPR). Pada 2009 hingga 2011, ia diangkat menjadi Manajer Riset JPPR. Pada 2013, ia menjadi Koordinator Nasional JPPR hingga 2015, dan menjadi dewan pengarah JPPR hingga 2017.[8] Selain itu, pada 2015 ia juga menjadi Program Advisor General Election Network for Disability Access.[10]
