Ia menjadi SekJen pada masa Vichy Prancis pada tahun 1942, dan pada kedudukan ini ia bekerja sama dengan SS berkenaan dengan masalah bangsa Yahudi. Ia bertanggung jawab, bersama SS, atas pengiriman 1.500 Yahudi ke kamp konsentrasi.
Dari pertengahan 1944, saat jelas bahwa Jerman Nazi mendekati kekalahan, Papon mulai memikirkan masa depan, pernah bertemu dengan Gaston Cusin, seorang pamong praja yang ikut serta dalam kelompok Résistance. Meskipun ia ditanyai sejumlah anggota Perlawanan Prancis setelah PD II, Papon yang mencoba melarikan diri diadili oleh Comité départemental de Libération (CDL) Bordeaux atas perannya semasa rezim Vichy, khususnya karena ia telah dilindungi oleh Gaston Cusin. Setelah perang, ia berhasil memasuki kepolisian dan kemudian sebagai politikus. Paponlah, sebagai kepala polisi Paris pada tahun 1961 memberikan perintah penahanan 11.000 demonstran Aljazair yang menuntut kemerdekaan. Mereka semua dikirim dengan bus RATP ke Parc des Expositions, Vélodrome d'hiver, dan pusat-pusat lain yang digunakan sebagai pusat penahanan pada masa Vichy. Pembantaian kemudian terjadi.
Bukti-bukti kejahatannya semasa pemerintahan Vichy merebak pada 1981, dan sepanjang 1980-an ia menghadapi serentetan debat hukum, dan pada 1998 diganjar 10 tahun penjara, sejak 22 Oktober1999. Pada 18 September2002 ia dibebaskan dari penjara atas alasan kesehatan.