Matthias Schoenaerts lahir di Antwerpen, Flandria, wilayah berbahasa Belanda di Belgia. Ia merupakan putra dari aktor Julien Schoenaerts (1925–2006) dan Dominique Wiche (1953–2016), seorang perancang kostum, penerjemah dan guru bahasa Prancis. Ia memiliki kakak tiri, Bruno Schoenaerts (1953–sekarang),[5] yang merupakan seorang pengacara.[6] Ia merupakan keturunan Walonia.[7] Nenek dari pihak ibunya berasal dari Liège, Walonia, wilayah berbahasa Prancis di Belgia dan ia dibesarkan oleh kakek-nenek dari pihak ibu di Brussels.[7][8]
Ia belajar bahasa Flam dan Prancis.[9] Ia juga fasih berbahasa Inggris,[10] yang ia pelajari dengan menonton film-film Amerika.[11]
Pada tahun 1987, pada usia sembilan tahun, ia muncul dalam drama panggung The Little Prince karya Antoine de Saint-Exupéry bersama ayahnya, yang juga merupakan sutradara.[12] Ibunya, Dominique, adalah perancang busana drama itu.[13]
Ia mulai membuat grafiti ketika ia masih remaja di bawah nama samaran "Zenith".[14] Ia bahkan pergi ke New York untuk berkolaborasi dengan komunitas Tats Cru dari Bronx.[15]
Ia nyaris menjadi pemain sepak bola profesional dan masuk ke skuad tim Belgia K.F.C. Germinal Beerschot, tetapi ia menyerah ketika ia berusia 16 tahun.[16][17] Pada tahun 2013, ia menyatakan bahwa ia adalah penggemar klub sepak bola Spanyol FC Barcelona.[10]
↑"Bruno Schoenaerts op Netlog". netlog.com (dalam bahasa Dutch). Diarsipkan dari asli tanggal 2018-01-03. Diakses tanggal 22 January 2016.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
↑"Rundskop is een Rat". sport.be (dalam bahasa Dutch). 25 January 2012. Diakses tanggal 2 December 2015. Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
