Masjid ini dibangun atas biaya seorang pedagang yaitu Gaisa Yaushev, dan selesai pada rentang tahun 1863-1864. Imam masjid ini ialah seorang ayah dan anak dari Rakhmankulov.[3] Selain itu, imam masjid Zainulla Rasulev juga kerap menggelar khutbahsalat Jumat. Pada tahun 1930-1944, masjid ini sempat dihancurkan untuk keperluan lain (pertemuan bangsa Tatar dan teater). Kemudian minaret masjid dihancurkan pada tahun 1943 dan pada tahun 1944 bangunan itu dikembalikan kepada orang tepercaya.[4]
Pada awal tahun 1980-an, bangunan masjid itu rusak. Lalu sejak tahun 1988, pekerjaan restorasi telah dimulai, tetapi belum selesai juga. Pada tahun 2002, pekerjaan dilanjutkan, tetapi menara belum dipugar. Kemudian sejak tahun 2008, masjid ini dinamai dengan nama Zaynulla Rasulev (seorang ulama Bashkir).
