Masduki memulai karier sebagai reporterMajalah Tempo (1985 - 1987), kemudian Masduki menjadi redaktur di Majalah Editor (1987- 1996),[2] dan Masduki menjadi Wakil Pemimpin Redaksi di Majalah Tiras (1997 - 1999). Pada tahun 1999 - 2021 Masduki menjabat sebagai Wakil Sekretaris Jendral (Wasekjen) Persatuan Besar Nadhatul Ulama (PBNU). Masduki merupakan politikus dari Partai Kebangkitan Bangsa (PKB). Masduki pernah menjabat sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia(DPR RI) periode 2004 - 2009. Masduki menjabat sebagai Ketua Komisi X DPR RI. Masduki juga tercatat sebagai Ketua Bidang Informasi dan Komunikasi di Dewan Pimpinan Majelis Ulama Indonesia (MUI).[3][4]