Setamat dari pondok pesantren, ia bekerja di Sekretariat AKABAH Bukittinggi (1985-1989). Kemudian ia bekerja sebagai guru di Diniyyah Puteri (1989-1990) dan Diniyyah Putera Padang Panjang/ Nurul Ikhlas (1990-1992). Lalu, ia menjadi dosen di Ma'had Al-Madaniy (1990-1998) dan PGTK Adzkia (1996-1998).[6]
Setelah tidak duduk lagi di dewan, Marfendi menjadi perwakilan PT Athos Indonesia (2005-2009) dan PT Melia (2008-2011). Ia lalu bekerja sebagai Manajer SDM PT Persada (2011-2015). Saat ini ia menjadi agensi Sumbar untuk PT Kawasan Kurma Indonesia (2015-sekarang) dan Komisaris Randang Katuju (2019-sekarang).[6]