Berkat tulisan J'accuse...! karya penulis Émile Zola, Dreyfus mendapatkan grasi. Pada tanggal 19 September1899, menyusul kampanye berapi-api oleh para pendukungnya, termasuk seniman dan intelektual Emile Zola, Dreyfus diampuni oleh PresidenÉmile Loubet dan meninggalkan penjara. Pada tanggal 12 Juli1906, secara resmi Dreyfus dibebaskan dari segala tuduhan oleh komisi militer. Keesokan harinya, Dreyfus ia diterima kembali ke dalam militer dengan pangkat mayor (chef d'escardon). Secara sukarela, ia menjabat kembali sebagai letnan kolonel selama Perang Dunia I dan kemudian memegang beberapa komando termasuk di kawasan Paris.