Plot
Amélie lahir dalam kondisi vegetatif dari sebuah keluarga Belgia yang tinggal di Kobe, Jepang. Amélie percaya bahwa keadaannya membuatnya seperti dewa bagi orang-orang di sekitarnya. Pada ulang tahunnya yang kedua, terjadi gempa bumi yang membuat Amélie keluar dari kondisi vegetatif dan bisa bergerak bebas. Sejak itu, Amélie menolak apapun dan selalu membuat keributan di dalam rumah, hingga ayahnya, Patrick, memanggil seorang pengasuh. Atas saran Kashima-san (ibu kos), datanglah Nishio-san ke rumah itu, bersama nenek keluarga mereka, Claude, yang ikut tinggal di sana untuk sementara waktu. Claude memberi Amélie cokelat putih, yang menenangkannya sekaligus membuatnya seperti terlahir kembali. Amélie pun mulai akrab dengan keluarganya, kecuali dengan kakak laki-lakinya, André.
Setelah Amélie belajar mengucapkan kata pertamanya, “penyedot debu”, Claude kembali ke Belgia, sehingga membuat Amélie sedih. Nishio kemudian menemukan Amélie yang sedang menangis setelah baru saja bertengkar dengan André dan membacakan buku tentang yōkai, yang menjadi awal persahabatan mereka—hal yang tidak disukai Kashima. Selama bersama, Nishio menunjukkan pada Amélie sekumpulan koi (yang dianggap sebagai simbol laki-laki) di dekat taman. Nishio juga mengajarinya cara menulis kanji namanya yaitu kata “hujan” (雨, ame) di jendela berembun, Tak lama kemudian, Patrick mendapat kabar bahwa Claude meninggal dan harus pergi ke Belgia selama dua bulan. Amélie merasa sedih sekaligus bingung dengan konsep kematian. Amelie menanyakannya pada Nishio, yang akhirnya membuatnya menceritakan bagaimana ia kehilangan keluarganya saat Perang Dunia II, dan mengajaknya menaruh lentera air di sungai setelah meminta ijin kepada ibunya, Danièle. Sepulang Patrick, keluarga berencana pergi bermain ke pantai. Amélie awalnya enggan ikut, tetapi Nishio mendorong Amélie untuk ikut dengan mengenang masa kecilnya yang indah di sana. Di pantai, Amélie mengambil sebuah toples, berharap bisa mengisi pengalaman pantainya untuk Nishio. Saat sedang mengamati makhluk laut, ia tergelincir dan terseret ombak ke tengah laut dan sempat tenggelam. André melihat toples Amélie dan memberitahu orangtuanya untuk menyelamatkannya. André mengembalikan toples tersebut, sehingga membuat rasa tidak suka Amélie kepadanya memudar. Amélie mengucapkan nama André untuk pertama kalinya, membuat semua anggota keluarga berpelukan. Sesampainya di rumah, Amélie memberikan toples itu pada Nishio dan Nishio berterima kasih padanya.
Menjelang ulang tahunnya yang ketiga, Amélie menemukan Nishio di rumah Kashima, yang sedang ditegur karena terlalu dekat dengan Amélie. Kashima juga mengkritik Nishio yang pernah mengajak Amélie menaruh lentera air di sungai yang seharusnya tidak sembarangan diajarkan ke orang non-Jepang, serta menanyakan apakah ia sudah melupakan keluarganya sendiri yang terbunuh saat perang. Amélie mendengar percakapan itu diam-diam. Saat Nishio mengantarnya kembali, Kashima menegurnya di depan keluarga Amélie. Nishio pun mengundurkan diri sebagai pengasuh, sehingga membuat Amélie merasa sedih. Amélie merayakan ulang tahunnya bersama keluarganya, dan diberi hadiah kejutan berupa tiga ekor koi. Namun Patrick memberitahu bahwa keluarga mereka akan segera pindah kembali ke Belgia, membuat Amélie semakin kecewa.
Suatu hari, saat memberi makan koi, Amélie menjatuhkan dirinya ke kolam. Di sana ia bertemu Claude, yang mengatakan bahwa waktunya belum tiba. Amélie melihat kenangan masa lalu bersama Nishio di dekat jendela, yang menyuruhnya untuk bangun. Ia pun tersadar di rumah sakit, setelah diselamatkan oleh Kashima. Nishio menjenguknya dan berkata bahwa Kashima memanggilnya setelah tahu bahwa Amélie terjatuh ke kolam. Beberapa waktu kemudian, keluarga menikmati musim dingin. Kini, setelah menyadari betapa berharganya kebersamaannya dengan Nishio, Amélie akhirnya mengakui bahwa dirinya bukanlah dewa, melainkan manusia.
