Peserta turnamen ditambah menjadi 35 klub untuk edisi ini, di mana lima klub memulai turnamen dari babak kualifikasi dengan sistem gugur. Satu buah babak juga ditambahkan dalam babak gugur, sehingga juara pertama dan kedua dari setiap grup dapat melaju ke babak selanjutnya. Setiap tim diizinkan untuk menggunakan maksimal empat orang pemain asing, di mana salah satunya harus berasal dari negara anggota AFC. Pada 5 November 2018, diumumkan bahwa perusahaan telekomunikasi Qatar Qtel akan menjadi sponsor turnamen sejak 2009 hingga 2012.[3]
Kualifikasi
Sejumlah 35 tim berpartisipasi dalam Liga Champions AFC 2009.[4]
Tiga tim berikut sedianya mengikuti play-off kualifikasi, namun dihapuskan karena liga nasionalnya tidak memenuhi kriteria AFC. Mereka kemudian mengikuti Piala AFC.
Setiap tim bermain dengan sistem kandang-tandang dalam sistem round-robin melawan tiga tim lainnya dalam grup yang sama, sehingga terdapat enam pertandingan dalam tiap grup. Setiap tim diberi nomor 1 sampai 4 yang menentukan urutan pertandingan, dengan susunan:
Pertandingan ke-1: 1 vs 4, 3 vs 2
Pertandingan ke-2: 2 vs 1, 4 vs 3
Pertandingan ke-3: 1 vs 3, 4 vs 2
Pertandingan ke-4: 3 vs 1, 2 vs 4
Pertandingan ke-5: 4 vs 1, 2 vs 3
Pertandingan ke-6: 1 vs 2, 3 vs 4
Berbeda dengan edisi sebelumnya, mulai musim ini juara dan juara kedua grup berhak melaju ke babak selanjutnya.
Kriteria tie-break
Peringkat klub diurutkan menurut poin yang diraih dan kriteria tie-break berlaku menurut urutan berikut:
Jumlah poin yang diraih dari pertandingan dalam babak grup antar tim;
Selisih gol dari pertandingan dalam babak grup antar tim; (tidak memberlakukan peraturan gol tandang)
Jumlah gol dicetak dari pertandingan dalam babak grup antar tim; (tidak memberlakukan peraturan gol tandang)
Selisih gol dari seluruh pertandingan dalam babak grup;
Jumlah gol dicetak dari pertandingan dalam babak grup;
Tendangan penalti jika hanya dua tim yang terlibat dan keduanya sedang bertanding;
Poin kedisiplinan (kartu merah dan kuning) yang lebih kecil: (1 poin tiap kartu kuning; 3 poin setiap kartu merah sebagai hasil dua kali kartu kuning, 3 poin untuk kartu merah langsung, 4 poin untuk kartu kuning diikuti kartu merah);
Pengundian babak 16 besar dilaksanakan pada 7 Januari 2009 bersamaan dengan pengundian babak grup. Pertandingan zona Asia Barat dilaksanakan pada 26 dan 27 Mei, sementara zona Asia Timur pada 24 Juni.
Pengundian babak perempat final dan babak selanjutnya dilaksanakan pada 29 Juni 2009 di Kuala Lumpur, Malaysia. Pertandingan pertama dilaksanakan pada 23–24 September, dan pertandingan kedua pada 30 September.
