Diikuti oleh 8 klub. Juara kompetisi ini akan langsung melaju ke putaran nasional tanpa melewati putaran regional Kalimantan mewakili Provinsi Kalimantan Utara untuk menuju promosi ke Liga 2.
PSTK Tarakan yang tidak mengikuti Liga 3 musim ini merupakan juara bertahan setelah menjuarainya di musim 2019 dan dibatalkannya musim 2020 dikarenakan COVID-19.
