Kuil ini awalnya dibangun sebagai Kuil Fude untuk Tudigong pada tahun 1709 di Desa Shulin. Pada tahun 1741, kuil ini hancur akibat banjir.[1] Akibatnya, kuil ini direlokasi ke lokasinya saat ini di Desa Jiujia dan dibangun kembali dengan nama Kuil Zhilan oleh para pendatang dari Zhangzhou di Fujian. Pada tahun 1812, kuil ini berganti nama menjadi Kuil Shennong. Kuil ini pernah menjadi pangkalan penting selama konflik antara pemukim dari Zhangzhou dan Quanzhou. Pada tahun 1972, kuil ini direnovasi ketika beton bertulang diperkenalkan untuk membangun Aula Tiga Sungai dan Menara Lonceng dan Genderang. Pada tahun 1993, tembok utama direnovasi menjadi bangunan dua lantai.[2]
