Pada awalnya Gereja Santo Agustinus merupakan katedral dari Prefektur Apostolik Manokwari sejak 19 Desember 1959 yang kemudian ditingkatkan menjadi Keuskupan Manokwari pada tanggal 15 November 1966. Seiring perpindahan pusat keuskupan dari Kabupaten Manokwari ke Kota Sorong dan perubahan nama keuskupan menjadi Keuskupan Manokwari-Sorong, status katedral kemudian beralih ke Gereja Kristus Raja, Sorong sejak 14 Mei 1974.[1]
Gereja Santo Agustinus sempat mengalami pembangunan ulang, yang ditandai dengan peletakan batu pertama. Upacara tersebut berlangsung pada 11 September 2014 dan dipimpin oleh Hilarion Datus Lega yang merupakan Uskup Manokwari-Sorong. Gereja ini kemudian diberkati dan diresmikan pada 27 Agustus 2017, yang beriringan dengan peringatan 80 tahun Paroki Santo Agustinus.[2]
Pada 15 April 2025 saat berlangsung Misa Krisma, Uskup Datus membacakan surat penetapan tentang Penetapan Nama Paroki Ko-Katedral Santo Agustinus Manokwari.
Bangunan
Bangunan gereja memiliki luas 2.054 meter persegi di atas lahan dengan luas sekitar lima hektare. Bangunan gereja terinspirasi dari bentuk monstrans, yaitu wadah yang digunakan untuk meletakkan hosti,[3] dan juga mengikuti bentuk rumah Honai, yakni rumah adat bagi Suku Dani. Adapun bangunan gereja ini didesain oleh Ignatius Tatang.[2]
Sisi dalam Gereja Santo Agustinus menampilkan akulturasi budaya Papua, yang dicirikan dengan ukiran khas Papua serta motif tifa yang menggambarkan sukacita dalam kalangan masyarakat Papua. Banyaknya pilar di dalam gereja juga mengadopsi rumah adat Suku Arfak yang disebut sebagai Rumah Kaki Seribu.[2]
Fasilitas
Gereja Santo Agustinus memiliki sebuah menara lonceng dengan tinggi 31m (101ft 8+1⁄2in) dan berwarna emas. Menara lonceng ini mulai dibangun pada 15 Juli 2018 dan diberkati pada 18 Oktober 2020.[4] Menara lonceng ini memiliki seratus anak tangga.[2]
Pada 16 Oktober 2024, Uskup Datus memimpin peletakan batu pertama dalam rangka pembangunan kantor, aula, dan pastoran Paroki Santo Agustinus. Hal ini menjadi suatu tanda dalam hal pengembangan fasilitas gereja.[5][6]