Plot cerita
Kisah diawali dengan tokoh utama Lyra Belacqua yang dengan diam-diam masuk dan bersembunyi dalam Ruang Rehat para Cendekiawan yang terlarang, meskipun menghadapi penolakan dæmonnya, Pantalaimon----manifestasi jiwa yang bisa berubah bentuk, sebelum manusianya akil balig. Pada saat inilah Lyra melihat Master Jordan meracuni tokay yang akan dihidangkan untuk pamannya, Lord Asriel. Segera setelah Lord Asriel datang, Lyra segera mencegah pamannya meminum tokay tersebut dan memperingatkannya. Alih-alih menghukum Lyra, Lord Asriel memerintahkan Lyra untuk memata-matai Master dan tamu lainnya selama pertemuan. Pada pertemuan tersebutlah Lyra mendengar tentang Debu, suatu partikel dasar aneh yang terutama bereaksi pada orang dewasa; serta dugaan sebuah kota di Aurora. Segera setelah pertemuan Lord Asriel melanjutkan penelitian ke Kutub Utara dan Lyra melanjutkan pembelajarannya di Akademi Jordan.
Di tempat lain, Master serta Pustakawan membahas hal-hal pada masa depan yang telah dibaca Master dari alethiometer.
Tak lama kemudian Pelahap, gerombolan penculik yang menjadi baru-baru itu menjadi legenda urban, yang menculik sahabat Lyra, Roger Parslow. Lyra bertekad menyelamatkan Roger; saat mendadak seorang tamu penting, Mrs. Coulter, menawarkan kesempatan pada Lyra untuk menjadi asistennya di London. Lyra setuju; tetapi sebelum pergi, Master menitipkan pada Lyra sebuah alat berharga yang sebelumnya dititipkan Lord Asriel pada Akademi Jordan: Alethiometer. Berbentuk seperti kompas emas besar, alethiometer dapat memberitahukan kebenaran dalam pesan gambar tersembunyi bagi penggunanya. Lyra membawa alethiometer bersamanya ke flat Mrs. Coulter. Namun Lyra segera menjadi curiga terhadap Mrs. Coulter setelah ia mengetahui bahwa dæmonnya si monyet emas mengintip keberadaan Alethiometer. Kecurigaan ini berubah menjadi ketakutan saat Lyra mengetahui bahwa Mrs. Coulter mengepalai organisasi bernama Lembaga Persembahan, yang faktanya merupakan para Pelahap. Lyra segera kabur dari flat Mrs. Coulter, tetapi di tengah jalan ia nyaris tertangkap oleh sekumpulan penculik. Lyra diselamatkan oleh kaum Gipsi, kaum nomadik yang tinggal dalam perahu-perahu dan kanal-kanal.
Di sana Lyra bertemu dengan John Faa dan Farder Coram, pemimpin kaum Gipsi. Dari kaum Gipsi-lah Lyra mengetahui bahwa ia sesungguhnya merupakan putri dari Lord Asriel dan Mrs. Coulter. Ia juga mengetahui bahwa para Pelahap juga menangkap anak-anak lain di seantero Britania Raya, baik anak biasa maupun anak kaum Gipsi; dan bahwa mereka akan menuju Kutub Utara untuk menyelamatkan anak-anak tersebut.
Setelah mempelajari penggunaan alethiometer, Lyra pun mengikuti ekspedisi tersebut; namun ia tidak boleh keluar setelah tertangkapnya mata-mata Mrs. Coulter yang mencarinya. Di Lapland, kaum Gipsi menemui Konsul Penyihir demi menemukan penyihir sahabat Farder Coram, Serafina Pekkala. Sang Konsul memberi tes yang dijalani dengan baik oleh Lyra dan mengungkapkan rahasia pada kedua pemimpin Gipsi: bahwa Lyra telah menjadi ramalan utama para Penyihir selama berabad-abad. Lyra kemudian bertemu dengan Lee Scoresby, aeronaut, dan beruang berbaju besi Iorek Byrnison, yang berhasil ia yakinkan untuk bergabung dengan Kaum Gipsi. Mereka kemudian melanjutkan perjalanan menuju Bolvangar, markas para Pelahap, dibantu dæmon Serafina Pekkala, Kaisa. Nahas, di tengah perjalanan Lyra diculik oleh gerombolan penculik dan dibawa kepada para Pelahap.
Lyra berhasil menemukan Roger di Bolvangar, dan berhasil mengetahui eksperimen Pelahap: mereka melakukan Pemutusan terhadap anak-anak yang mengalami pubertas, di mana mereka memisahkan sang anak dengan dæmon mereka. Murka, Lyra membebaskan para dæmon yang terputus dan merencanakan pelarian; tetapi ia tertangkap dan nyaris mengalami Pemutusan sendiri; sebelum diselamatkan oleh Mrs. Coulter yang berusaha mendapatkan alethiometer. Lyra berhasil menyelamatkan diri dan membimbimbing pelarian anak-anak lainnya dari Bolvangar, sebelum kemudian diselamatkan oleh Lee Scoresby dengan balon udaranya. Bersama Roger, Iorek, dan Serafina Pekkala, mereka menuju Svalbard demi mengantarkan alethiometer pada Lord Asriel; tugas yang Lyra percayai dibebankan padanya. Lord Asriel kini ditawan para beruang karena Gereja melawan eksperimennya. Dalam perjalanan mereka diserang oleh kumpulan hantu karang.
Terlempar keluar dari balon udara, Lyra mendapati dirinya ditawan oleh para beruang berbaju besi yang kini dipimpin tiran Iofur Raknison. Lyra kemudian menipu raja beruang tersebut untuk berduel dengan Iorek, yang dengan sukses berhasil membunuh Iofur dan mendapatkan takhtanya kembali. Dengan bantuan Iorek, Lyra pergi menuju rumah tahanan Lord Asriel bersama Roger. Meskipun ditawan, Lord Asriel terlalu kuat untuk ditekan sehingga akhirnya ia berhasil melanjutkan eksperimennya tentang Debu kembali. Lord Asriel menjelaskan kepada Lyra apa itu Debu, materi elemental dari dunia lain; dunia paralel; serta tujuan eksperimennya, yaitu untuk menghancurkan Debu. Lord Asriel lalu pergi dari rumahnya, membawa semua peralatan eksperimen dan, yang mengejutkan, Roger.
Lyra segera menyusul mereka, mendapati kenyataan mengerikan. Ia memang berhasil mengantarkan hal yang dibutuhkan ayahnya, tetapi alih-alih alethiometer, sesuatu itu adalah Roger: Pemutusan anak-anak dengan dæmon melepaskan energi besar yang akan membantu eksperimen Lord Asriel. Dalam peperangan antara Magisterium dan pemberontak, Lyra mengkonfrontasi ayahnya dan berusaha menyelamatkan Roger. Namun malang, Roger tewas saat Pemutusan berhasil dilakukan Lord Asriel. Dengan energi yang terlepas Lord Asriel berhasil menyelesaikan eksperimennya: membuka sebuah lubang di langit yang menjadi jembatan menuju dunia-dunia paralel. Lord Asriel pergi melewati jembatan tersebut. Disemangati oleh saran Pantalaimon, Lyra mengikuti ayahnya melalui jembatan itu, untuk melakukan hal yang berlawanan dari ayahnya: untuk menyelamatkan debu.
Hal ini menjadi akhir buku pertama trilogi His Dark Materials, dilanjutkan ke buku kedua, Pisau Gaib (buku).
