Komisi Kepausan Ecclesia Dei adalah sebuah komisi Gereja Katolik Roma di bawah Kuria Romawi yang dibentuk berdasarkan motu proprioPaus Yohanes Paulus II berjudul Ecclesia Dei tanggal 2 Juli 1988 untuk mengurus para mantan pengikut Uskup Agung Marcel Lefebvre yang memisahkan diri dari darinya sebagai akibat dari konsekrasi (pengangkatan) empat orang imam dari ordo-nya Society of St. Pius X (SSPX) sebagai uskup pada tanggal 30 Juni 1988 - suatu tindakan yang dianggap Tahta Suci sebagai perbuatan yang terlarang dan memecah-belah (skismatik).
Komisi ini memiliki tugas tambahan untuk mencoba membawa kembali kaum Katolik Tradisional ke dalam komuni penuh dengan Tahta Suci yang berada dalam situasi terpisah dari gereja, dimana para anggota SSPX adalah mayoritasnya, dan bertugas untuk membantu memenuhi aspirasi-aspirasi orang-orang yang tidak ada hubungannya dengan kelompok-kelompok tersebut di atas yang ingin melestarikan liturgi Ritus Romawi pra-1970.